二周目开始后，玩家会从自家门前出发，首要任务是升级图鉴至60种之后找大木博士升级全国图鉴。完成这一步骤后，精灵联盟的天王暂时无法挑战，需要前往枯叶市码头乘船前往一之岛。在一之岛精灵中心与阿锦对话，得知新系统需要红宝石才能运行。进入岛上的山洞后，选择下方岔路可遇到LV50火焰鸟，选择上方岔路则能找到红宝石和LV70闪光古拉顿。将红宝石交给阿锦后，他会请求玩家继续寻找蓝宝石，并给予彩虹通行证，解锁七岛间的自由通行权限。
接下来可以前往二之岛挑战小美，她的队伍包括LV63圈圈熊、LV63顿甲、LV65电龙、LV62塔布奈、LV70炎帝和LV65刺龙王。击败小美后，继续探索五之岛的火箭队仓库，这里会触发与小银共同对抗火箭队的剧情。完成战斗后，火箭队成员会透露下一个目标位于五之岛的仓库。在仓库深处可发现LV50闪光拉帝欧斯，这是二周目重要的捕捉目标之一。
七岛中的光点七岛（诞生之岛）需要通过持有极光船票乘船抵达。登岛后，中央有一块三角形陨石，触发与代欧奇希斯的对战。击败或捕捉代欧奇希斯后，可进入岛屿内部探索。二周目还包含其他神兽捕捉任务，如在一之岛山洞深处遇到的闪光古拉顿，以及通过特定条件解锁的三圣兽等。这些神兽的分布和捕捉方法需要玩家仔细探索各岛屿的隐藏区域。
二周目的核心挑战在于队伍配置和资源管理。建议优先培养一只高速度高输出的精灵应对天王级对手，同时携带具备控场能力的辅助精灵。道具方面，复活药和全恢复药是必备物资，尤其是在长时间探索迷宫或连续对战的情况下。合理利用游戏中的定点技能教学和隐藏道具，如百万吨拳击和百万吨飞腿，能显著提升队伍战斗力。
完成红蓝宝石任务后，七岛间的通行证会解锁更多区域，而特定NPC的对话可能触发额外剧情或奖励。玩家需保持与关键人物的互动，并留意地图上的特殊标志。通过系统性的探索和策略性对战，二周目不仅能提供丰富的剧情体验，还能让玩家收集到稀有的闪光精灵和神兽。
