动物的繁衍生息主要通过繁殖系统实现，该系统需要玩家将飞船升级至3级才能解锁专用场地。繁殖过程分为捕获配对动物、驯服、选择繁殖幼崽以及孵化四个阶段。玩家需在地图中抓捕带有配对标识的特定动物，成功驯服后可在游戏结束界面选择繁殖选项。孵化过程需要等待固定时间，也可使用游戏币加速完成。孵化出的动物幼崽会携带属性加成，并跟随主角参与跑酷冒险，这种机制既增加了收集乐趣，也为动物园经营提供了持续发展的生物资源。
繁殖系统的核心在于配对动物的获取，这些特殊个体通常出现在游戏后期的高难度区域。根据动物栖息地等级不同，配对动物的刷新概率存在明显差异，栖息地等级越高，出现配对动物的几率越大。部分珍稀动物如报晓金鸡需要探索到特定地图区域（如澳洲且飞船达到17级才会出现。玩家需要通过持续升级栖息地和扩大探索范围来提升获取配对动物的效率，同时合理规划资源分配，优先升级高价值动物的栖息地以优化繁殖收益。
濒危动物作为特殊繁殖资源，每天会在地图中随机刷新一种，通过动物商人界面可查看当日可救援的濒危物种。成功捕获濒危动物后，系统会概率刷新其配对个体，只有同时获得配对组合才能繁殖出对应品种的幼崽。这类动物幼崽往往具有更显著的能力加成，但受限于每日刷新机制和较低的配对出现概率，需要玩家保持稳定的游戏节奏和长期的资源积累。繁殖濒危动物时还需注意地图解锁进度，未探索区域对应的濒危动物将无法触发搜救功能。
从游戏设计角度看，繁殖系统与经营玩法形成了深度联动。幼崽的属性加成能提升跑酷表现，而跑酷中获取的资源又反哺动物园建设，形成良性循环。建议玩家在中期阶段集中资源将3-4种核心动物栖息地升至9级，这不仅会解锁全部稀有动物包括专属繁殖个体，还能显著提高高阶配对动物的出现频率。同时需要注意，部分节日限定动物如农历新年主题物种仅在活动期间开放繁殖，需把握特定时间节点完成收集。
繁殖系统的策略性还体现在幼崽的能力继承方面。不同品种的动物幼崽会提供独特的增益效果，例如缩短驯服时间或提升骑乘速度等。玩家应根据当前游戏进度和主力动物阵容，有针对性地选择繁殖对象，避免资源分散消耗。后期可通过持续优化繁殖组合来构建特定属性加成的动物梯队，这种养成方式能有效应对不同地图的跑酷挑战，并为动物园吸引更多游客创造有利条件。
疯狂动物园的繁殖机制通过分层级解锁、概率触发和时间管理等设计要素，构建了兼具趣味性和深度的养成体系。玩家需要综合运用地图探索、栖息地升级和资源规划等多种手段，才能高效推进动物种群的繁衍生息。该系统成功将跑酷玩法与模拟经营有机结合，为游戏提供了持久的可玩性和成长目标。
