二周目开启后，玩家将获得船票并解锁全国图鉴功能，这是探索丰缘地区更深层次内容的关键。初始阶段需前往水静市乘船，途中会遇见亚希达并获得第二张船票，用于前往对战开拓区。该区域包含多个战斗设施，如对战塔和战斗工厂，挑战成功后能获得对战点数及象征奖励。需部分神兽队伍难度较高，建议提前存档并根据队伍强度调整战术。
完成对战开拓区挑战后，玩家可返回丰缘大陆继续主线剧情。天空之柱是二周目的重要地点，需从131航道缺口进入，通过复杂地形抵达顶层触发烈空坐相关事件。古辰遗迹和石之洞窟等地点会新增隐藏要素，例如通过古辰宝珠解锁的古空棘鱼捕捉事件，以及石之洞窟内可获取的化石道具。这些隐藏内容往往需要特定条件或道具才能触发。
高效获取稀有道具如星星碎片、金色珍珠等，可通过完成支线任务或击败特定NPC实现。武斗镇的化石老头任务能获得贵重骨头，而凯那市的巨大入侵者支线则提供吼鲸王道具。战斗策略上建议搭配不同属性的宝可梦应对多样化敌人，特别是针对四天王和冠军的阵容需提前规划属性克制关系。
除传统飞行点外，二周目新增的船运系统可快速往返于主要港口。对战塔的双打和多人战模式需要特别注意队伍配置，建议携带具备群体技能的宝可梦。最终挑战Wodan时，其队伍强度显著提升，战胜后可获得15个对战点及银象征，这标志着二周目核心内容的完成。后续可继续收集幻之宝可梦或完善图鉴，这些内容将为玩家提供持久的游戏体验。
